Marguerite est née dans un milieu bourgeois et cultivé. Ses grands-oncles maternels étaient peintres. En 1891, la jeune fille quitte Arras pour Paris sur les conseils d’Edouard Detaille, peintre académique français. Elle y demeurera jusqu’en 1896.
Elle étudie la peinture à l’Académie Julian avec Jean-Joseph Benjamin Constant, peintre orientaliste français, et avec Jean-Paul Laurens, peintre d’histoire français, spécialisé dans le travail d’après le modèle vivant.
Elle suit aussi des cours à l’Académie Colarossi.
Son éducation à la pratique de la peinture est donc marquée, dans un premier temps, par l’enseignement académique.
Marguerite visite le Musée du Louvre, où elle découvre l’art antique. Elle s’intéresse également au dessin anatomique à la Faculté de Médecine et se familiarise avec la représentation des animaux au Jardin des Plantes et au contact du sculpteur Emmanuel Frémiet.
En 1896, l’École des Beaux-Arts de Paris s'ouvre aux femmes, permettant ainsi à Marguerite Burnat-Provins d'y étudier. Elle devient également une habituée des Salons.
De 1896 à 1898, au cours de divers voyages en Europe, elle approfondit ses connaissances des grandes écoles de peinture du passé.